Ab 1520 finden reformatorische Gedanken in Lippe Eingang. Seit 1527 wird in St. Nicolai Lemgo der Gottesdienst in lutherischer Gestalt gefeiert. 1533 führt man in Lemgo die "Braunschweigische Kirchenordnung" ein, die der Wittenberger Stadtpfarrer Johannes Bugenhagen verfasst hat (Bild). Am 25. Oktober 1538 wird ganz Lippe lutherisch. 1605 nimmt Graf Simon VI. das Abendmahl in reformierter Gestalt. In der Folge bleibt Lemgo lutherisch und wird das übrige Lipperland reformiert.
1854 wird das lutherische Konsistorium in Lemgo aufgelöst, die lutherischen Gemeinden werden dem Konsistorium in Detmold unterstellt. Zum Ausgleich wird ein lutherischer Geistlicher zum Mitglied des Konsistoriums gemacht. Damit ist die Gleichstellung beider Konfessionen wieder hergestellt.
Der 1878 gegründeten Landessynode gehörten die lutherischen Gemeinden zunächst nicht an. Sie traten 1882 bei und wählten erstmals 1888 einen lutherischen Superintendenten. 1931 beschließen die lutherischen Gemeinden den Beitritt zur lutherischen Landeskirche von Niedersachsen, werden aber von der Lippischen Landessynode nicht entlassen. Mit der Annahme der Leuenberger Konkordie 1971 ist eine wechselseitige Akzeptanz beider evangelischen Konfessionen gegeben. Während der Landessuperintendent Geistlicher Leiter der Reformierten in Lippe ist, ist dies der lutherische Superintendent für die Lutheraner.